Die Serie II der Jackhammer-Klasse ist, ähnlich wie bei der Imperator-Klasse II, ein Modernisierung der ersten Serie. Am grundlegenden Aufbau hat sich wenig geändert, die Technik wurde jedoch in allen Bereichen modernisiert und ein effektiverer Aufbau der Hangars wurde eingeführt. Wichtigste Neuerung ist ein nur teilweise geflutetes Flugdeck an der Unterseite.

Zwei der drei Hangars der ersten Serie sind komplett weggefallen. Stattdessen wurde an die Unterseite ein Flugdeck angebaut. Dieses vierhundert Meter lange, sich über die komplette Breite erstreckende offene Deck hat eine Kapazität, welche zehn-mal größer ist, als die der alten Starthangars. Es ist vorne und hinten über die gesamte Breite zum Weltraum hin offen, kann aber im Bedarfsfall mit speziellen Panzertoren ganz oder teilweise geschlossen werden. Es ist symmetrisch aufgebaut und beide Seiten werden in der Mitte durch ein Panzerschott getrennt. So ist sichergestellt, dass selbst, wenn eine Seite komplett zerstört ist, auf der anderen Seite des Schiffes noch gestartet und gelandet werden kann. Auf dem Flugdeck können bis zu fünf Staffeln pro Seite hintereinander aufgestellt werden, zwei pro Seite im vorderen Bereich, drei im hinteren. Dabei ist vorgesehen, dass die Jäger vor dem Start auf den vorderen Positionen bereitgestellt werden und der hintere Teil freigehalten wird, damit jederzeit Jäger landen können. An den Seiten des Flugdecks befinden sich noch spezielle Bereiche, in denen Jäger "durchstarten" können.

Dabei fliegt der Jäger mit maximal 300 km/h das Schiff an. Er wird am Heck des Trägers im Traktorstrahl und mit magnetischen Halterungen auf eine Plattform gelenkt. Diese Plattform gleitet dann auf einer Repulsorschiene mit dem Jäger eine 800 Meter lange Strecke über das Flugdeck. In den etwa 10 Sekunden, die bei knapp 300km/h benötigt werden, um die Strecke zurück zu legen, kann der Jäger aufgetankt werden, oder neue Munition an Bord nehmen. Anschließend verlässt der Jäger das Schiff mit unverminderter Geschwindigkeit wieder. Aufgrund der kurzen Verweildauer auf der Plattform kann der Jäger aber nicht vollgetankt oder geladen werden, sondern nur einen sehr kleinen Nachschub erhalten. Die Strategen des SFC sind jedoch der Ansicht, dass es große Vorteile bringen kann, wenn man in so kurzer Zeit die Verweildauer auf dem Schlachtfeld signifikant verlängern kann. Hauptnachteil des Flugdecks ist, dass es ausschließlich auf "normale" TIE Jäger ausgelegt ist. TIE Shadow, TIE Bomber und Scimitar Jagdbomber beispielsweise können das Flugdeck nicht nutzen, ebenso wie alle Schiffe, die nicht zur TIE-Serie gehören.

Für alle diese Schiffe verfügt die Serie II der Jackhammerklasse über einen normalen Hangar oben im Rumpf. Dieser beherbergt Jäger, die nicht vom Flugdeck starten können, sowie die Shuttles. Außerdem gibt es, wie schon bei der ersten Serie eine VIP Hangar im Bereich vor dem Aufbau. Diese Hangars wurden gegenüber der ersten Serie kaum verändert.

Durch den Wegfall von zwei Bughangars und besserer Aufteilung der Hangars konnten die Katapulte von den Seiten an den Bug verlegt werden. Dadurch starten die Jäger wie aus den normalen Hangars in Flugrichtung des Trägers und nicht quer dazu, wie beim ursprünglichen Design. Sie sind jetzt etwas länger und können bei gleichem Energiebedarf wie in der ersten Serie alle kompatiblen Jäger bis zum TIE-Defender auf Höchstgeschwindigkeit bringen. Die Überarbeitung der Katapultanlage reduzierte außerdem die Herstellungskosten stark genug, sodass in der zweiten Serie immer die geplanten 24 Katapulte verbaut werden.